Fundado en 1667 con el nombre de Cantarranas, en el primer recuento de población en 1791, era cabecera de curato y en la División Política Territorial de 1889 era un Distrito formado por el mismo San Juan de Flores y San Diego de Talanga, En 1882 se segrega la aldea San Francisco
Los pobladores del municipio de San Juan de Flores, celebran con gran entusiasmo y alegría su feria patronal en Honor a San Juan Bautista, en los días de la fiesta patronal realizan diferentes actividades entre ellas: las Coronaciones, Mojigangas, carrozas por las principales calles del municipio, Concierto de banda, quema del toro de fuego y en entre otras actividades que son organizadas por el comité de la feria y la Alcaldía Municipal.
Sus pobladores se dedican mayormente la agricultura siendo su cultivo principal los granos básicos como ser maíz, frijol y hortalizas.
Turismo: Esta pequeña comunidad tuvo un gran auge minero, pero a diferencia de Santa Lucía y Valle de Ángeles, que lo tuvieron durante la colonia, el auge de San Juancito fue muy posterior, a finales del siglo pasado durante la primera mitad de este siglo.
Sede de las operaciones de la Rosario Mining Oc, La mina de plata jamás explotada en Centro América. Como tal, esta comunidad tuvo su época de oro durante la fiebre de plata que se dio entre 1880 y 1950, La primera estación hidroeléctrica en Centro América fue puesta en funcionamiento aquí.
Así mismo, aquí funcionó la primera embotelladora de refrescos gaseosos de Centro América ya que Pepsi Cola estableció una planta en esta población.
Sus comidas: Nacatamales, Pollo asado, sopa de gallina india, frijoles fritos, capirotadas, arroz de maíz entre otras.