Con la proclamación de la Independencia vieron las oligarquías locales la oportunidad de librarse, no solo del tutelaje español, sino también del guatemalteco que, por su proximidad geográfica, resultaba más real y molesta» afirma Julio César Pinto.
Con el fracaso de la federación se abre el camino para que cada estado sea realmente una república independiente, y se abre también el camino de lo que será la pauta futura del desarrollo político centroamericano: el separatismo. José Francisco Morazán Quezada tuvo una destacada participación en este período.
No intentó unir a Centroamérica como muchos afirman, debido a que la misma ya estaba unida, en todo caso intentó evitar que la misma se desmembrara a consecuencia de los exagerados localismos y al hecho de que trescientos años de coloniaje sólo habían enseñado a las oligarquías locales a desconfiar unas de otras y en particular, a ambicionar el poder que tenía Guatemala por encima de los demás estados.