
Diputado por Santa Bárbara en las Asambleas Constituyentes de 1865 y 1880. Fue Ministro de Relaciones Exteriores, Gobernación, Justicia y Fomento de 1865 a 1871. Ministro de Guerra del 28 de noviembre de 1884 al 30 de noviembre de 1891.
El Presidente Zelaya enfrentó una revolución que se inició en la ciudad de León, y el Dr. Bonilla cumplidamente le envió en ayuda un ejército de hondureños al mando de los Generales Manuel Bonilla y Miguel R. Dávila. El ejército hondureño tuvo su cuartel general en Choluteca y de all fueron atacadas y tomadas las plazas de Somotillo, Villanueva, El Sauce y finalmente Chinandega que, a pesar de las órdenes en contrario, fue saqueada par las tropas.
El ejército hondureña, cumplida su misión, regresó a Honduras. En Puerto Cortés se levantó en armas el Coronel Enrique Soto, pero fue combatido y vencido por el General Terencio Sierra. El Dr. Bonilla durante su administración reformó las Códigos de la República, organizó comisiones mixtas para el estudio de las fronteras, celebró Tratadas con Nicaragua, El Salvador y Guatemala, mandó construir dos puentes y amplió varios edificios públicos.
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