Hijo del Doctor Máximo Soto y de Francisco Martínez. Nació en Tegucigalpa el 13 de noviembre de 1846.Graduado de Abogado en Guatemala, fue funcionario en ese país y apoyó el Movimiento Reformista iniciado en 1871 por Justo Rufino Barrios.
En Honduras asumió el gobierno provisional a mediados de 1876 y fue presidente constitucional durante dos períodos consecutivos entre el 30 de mayo de 1877 y el 29 de mayo de 1883. En esta fecha encargó el poder al Consejo de Ministros.
Durante su mandato se realizaron importantes reformas de carácter político y social, en colaboración con el Dr. Ramón Rosa. Trasladó a Tegucigalpa la capital de la república. Presupuesto por el General Justo Rufino Barrios y llamado insistentemente por el pueblo hondureño, inauguro su Gobierno Provisional en el Puerto de Amapala. El General José María Medina designa a favor del Dr. Soto en la ciudad de Cracias. De Amapala se trasladó, el Dr. Soto, primero a Tegucigalpa y después a Comayagua, la capital, nombrada como su secretario General al Dr. Ramón Rosa, quien había sido Ministro de Educación Pública en Guatemala.
El Dr. Soto fue después electo constitucionalmente por el pueblo hondureño. Durante su periodo hubo una total reforma en Honduras; dicto nuevos Códigos; organizo la enseñanza primaria, secundaria y profesional; estableció los servicios de telégrafo y correos; fundo el Hospital General y la Biblioteca Nacional; trajo profesores de España a impartir clases en Honduras; construyo parques en Tegucigalpa, a donde traslado la Capital y encargo sendas estatuas de los hijos más prominentes de la Patria; y, por último, promulgo la Constitución Política de 1880.
Honduras experimento con el Doctor Soto una extraordinaria transformación, pero se le achaca el injusto fusilamiento del General José María Medina, y el control casi personal de las cofradías eclesiásticas, bajo su mandato se emitieron los códigos de la República: Militar, Penal, Civil de procedimientos, etc. Concedió también concesión de explotación a la Rosario Mining Company.
En 1876 arribó al poder Marco Aurelio Soto, y puso en marcha las reformas liberales en el país. Estas reformas de tipo administrativo, político, económico y social, intentaron darle un giro de 90 grados a la situación desastrosa que vivía Honduras. Soto logró mejorar las vías de comunicación y el servicio de correo.
Construyó algunos tramos del ferrocarril, el sistema telegráfico y puso en marcha un programa educativo sin precedentes en el país. A pesar de los avances logrados durante la administración Soto, Honduras volvió a caer de nuevo en la inestabilidad social, al no contar con productos bases como el café o el tabaco en qué forjar una economía estable. Se vio amenazado desde Guatemala por el propio General Justo Rufino Barrios. Su viejo amigo. Para evitar la guerra tuvo que salir del país depositando la presidencia en un Consejo de Ministros. El Dr. Soto falleció en París en 1908 a la edad de 62 años. Su Gobierno ha sido uno de los más prósperos de Honduras.