La ciudad fue fundada bajo el nombre de Santa María de la Nueva Villa de Valladolid de Comayagua por el Capitán español Alonso de Cáceres cumpliendo las órdenes del adelantado Don Francisco de Montejo entonces gobernador de Yucatán, posteriormente se le cambio el nombre a Concepción de Comayagua, pero según la cedula expedida el 13 de septiembre de 1543 la población paso a llamarse Villa de Valladolid.