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Un día como hoy fue creada la Escuela Microbiología tiene la responsabilidad de consolidar todos los procesos de desarrollo curricular y gestión académica para promover el desarrollo del campo de su conocimiento y requiere crear las bases estructurales de sus Departamentos y secciones para la formación de los profesionales, con una estructura dinámica y flexible. La propuesta es producto del análisis profundo y el consenso del cuerpo docente de la Escuela.
Microbiología fue creada como Departamento en el año de 1967 en la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia con el propósito de impartir las asignaturas del área de Microbiología al curso de Técnicos en Laboratorio y a las Carreras del área de la salud, posteriormente el Departamento se trasladó a la Facultad de Ciencias Médicas.
En el año 1982 el Departamento se separa de la Facultad de Ciencias Médicas y se constituye como Carrera Adscrita a Rectoría. Bajo la IV Reforma Universitaria que inicia en el año 2000, se reestructuran algunas unidades académicas de la UNAH, y Microbiología se incorpora a la nueva Facultad de Ciencias, como Escuela. El reglamento de las Escuelas Universitarias se aprueba en el año 2012 según Acuerdo No. CU-O-025-02-2012 del Consejo Universitario y es publicado en el Diario Oficial de la República, La Gaceta en mayo del año 2012, Decreto No. 18-2012.
En base al Reglamento aprobado de las Escuelas Universitarios y al Reglamento de Departamento y Carreras de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras, aprobado en el acuerdo No. 239-2007 del 25 de Mayo del 2007 por la Comisión de Transición de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras (CT-UNAH), Microbiología eleva en éste documento su propuesta de Estructura Organizativa Académica.
