Morazán se dirigió con sus tropas hacia el sur de Honduras, llegando a Choluteca en octubre de 1827. Cuando Justo Milla descubrió la presencia de Morazán, rápidamente se trasladó con sus tropas a Tegucigalpa, donde estableció su cuartel general. Por su parte, Morazán se dirigió a Sabanagrande. A las 9 de la mañana del 11 de noviembre, Morazán y sus hombres se enfrentaron al ejército del coronel Justo Milla, en la memorable Batalla de La Trinidad. Después de cinco horas de intensos combates, las tropas federales de Milla fueron aplastadas por los hombres de Morazán. Milla y algunos de sus oficiales sobrevivieron y huyeron del campo de batalla. Tras esta victoria, Morazán marchó a Comayagua donde hizo su entrada triunfal el 26 de noviembre. Al día siguiente convocó al Consejo Representativo, que lo nombró Jefe de Estado de manera provisional, y nombró a Diego Vigil como Subjefe.