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Un día como hoy la política liberal de su gobierno hizo con que don Dionisio Herrera muy pronto tuvo que enfrentar un drástico conflicto con el clero, ante todo, con el vicario y provisor (Obispo interino) de Comayagua José Nicolás Irías Midence, con pretensiones al Obispado de Honduras. Se hizo enemigo personal de Herrera y por medio de los clericales hacía creer al pueblo ignorante que el Jefe era francmasón, hereje y enemigo de la Iglesia.
Atentado homicida
El conflicto culminó el 1 de noviembre de 1826 con un atentado contra la vida de Herrera en su propia casa, cuando balazos desde la calle pusieron en peligro no tan sólo su vida, sino también la de sus familiares.
Al fracasar el atentado, Irías fue puesto bajo arresto domiciliario por orden de Herrera. Sin embargo, logró escapar, sublevando la población en varias partes rurales, haciendo con que sus partidarios apoyaran el movimiento clerical en Tegucigalpa (donde ocurrió un intento fallido por apoderarse del cuartel en enero de 1827), Gracias, «Los Llanos» era Santa Rosa de Copán antes, Santa Bárbara y Olancho.
Quema de la biblioteca de Herrera
En Tegucigalpa, una multitud de fanáticos, instigada por los clericales, que llamaban a destruir «libros herejes», quemó la rica biblioteca de Herrera, compuesta por obras de enciclopedistas franceses. El diciembre de 1826 Irías excomulgó a Herrera.
El Gobierno tuvo que enfrentar una verdadera guerra, mandando tropas para poder combatir la rebelión clerical.
